Az 1878. évi V. törvény - közismertebb nevén a Csemegi kódex - tett első ízben elvi különbséget a szabadságvesztés végrehajtásában a büntetési fokozatok között. A 28 §-a kimondta, hogy a fegyházbüntetést fegyintézetben kell végrehajtani. A törvény szerinti végrehajtásra az országban működő 7 fegyintézet befogadó-képessége rendkívül kevésnek bizonyult, így szükségessé vált egy új intézet létrehozása. A törekvés az volt, hogy az új fegyintézetet a területi elveknek megfelelően a Dunántúlon építsék fel. A telepítés helyére Sopronból két ajánlat érkezett. Egyik a Kurucdombot, a másik a Soprontól 5 km távolságra északra eső, Offermann és társa tulajdonát képező, öt éve már használaton kívül lévő cukorgyári telepet jelölte meg. Utóbbira esett a választás.
Az intézet terveit az a Wagner Gyula budapesti műépítész készítette, aki előzőleg már a szegedi kerületi börtönt és később a budapesti királyi országos gyűjtőfogházat is megtervezte. A kivitelezésre Schneider Márton soproni építész kapott megbízást. Az építkezés 1884. július 13-án kezdődött és 1886. augusztus 31-én fejeződött be.
Az újonnan létrehozott épületegyüttes meghatározó része a három-emeletes, nyomtatott H-betű alaprajzú zárkaépület volt, mely az akkori időben rendkívül korszerűnek számított. Minden helyiségét villanyvilágítással, központi fűtéssel és zárkapáronként szellőző kéményekkel látták el. Az energia ellátást a gépházban elhelyezett áramfejlesztők biztosították, melyeket gőzgépek működtettek. A zárkaépületen és a gépházon kívül a megnyitásig még a munkatermek, raktárak, kórház, központi fürdő, mosoda, konyha, pékség, istállók, valamint az igazgatósági épület és néhány lakás készült el. A zárkaépületben összesen 686 zárkát alakítottak ki, melyek közül 11 sötétzárka volt. A végrehajtandó feladatnak megfelelően az épület déli főszárnyán 252 magánzárkát építettek. Mivel a fegyintézetet a legveszélyesebb bűnözők elzárására szánták, szükségesnek tartották azt bástyafallal körülkerítve a külvilágtól elzárni. Ennek az összes hossza a mai több mint 1 km-rel szemben 600 métert tett ki, magassága 4,3 - 7,5 méter között változott. Az intézet berendezését és betelepítését követően 1886. november 1-jén történt meg a hivatalos átadás. A hatalmas alkotáson mindenki elcsodálkozott. A meghívottak körében az a vélemény alakult ki, hogy az intézet az újabbkor építészetnek valódi remeke. A Soproni Királyi Országos Fegyintézet, mint országos letartóztatási intézet kizárólag férfi elítéltek büntetésének letöltésére és a legsúlyosabb szabadságvesztés, a fegyházbüntetés végrehajtására szolgált. A fegyházbüntetés vagy életfogytig, vagy határozott ideig, maximum 15 évig, minimum 2 évig tartott.
Az intézetet, mivel a trianoni békeszerződés értelmében az Ausztriának átadandó területekbe a terv szerint Sopronkőhida is beletartozott, 1921 nyarán kiürítették és áttelepítették a budapesti gyűjtőfogházba. A Sopron hovatartozását is meghatározó 1921. decemberi népszavazást követően 1922 tavaszán megtörtént a visszatelepítés.
Az 1928. évi X. törvénycikk alapján az igazságügyi miniszter az intézet egyik elkülönített területét - férfi elitéltek részére - szigorított dologházzá minősítette. Az intézet hivatalos megnevezése a tevékenység kiszélesítésével 1929-től "Soproni Királyi Országos Fegyintézet és Szigorított Dologház "-ra változott.
Horthy kormányzó 1944. október 15-i deklarációja után a szigorított dologházasokat nyugatra szállították, hogy helyet készítsenek a Budapestről érkező politikai foglyoknak. Ettől kezdve a fegyintézetnek háromféle foglyai voltak: a fegyencek, az ún. védőőrizetesek és az egyéb politikai foglyok. A fegyőrök a politikai foglyok egyik csoportjával sem érintkezhettek, ugyanígy a fegyencek sem. A három csoportot szigorúan elkülönítették egymástól. A védőőrizetesek elviselhetőbb körülmények között a kórházi épületben voltak elszállásolva, a politikaiak másik csoportját a zárkaépület déli részén tartották fogva. A zárkaépület többi része a fegyenceknek volt fenntartva. Az ebben az időben itt fogvatartottak társadalmi összetétele rendkívül vegyes volt, mert az október 15-e utáni napokban internálták, letartóztatták, illetve a Gestapo elhurcolta Horthy több volt miniszterét, tanácsosát, államtitkárát, tábornokát, a miniszteriális szervek exponált személyiségeit, a főispánok nagy részét. A fegyházban őrizetben lévő személyekről Szálasi részére készített listán többek között a következő nevek olvashatók: Antal István, Krudy Gyula,B árdos Ferenc, nagybaczoni Nagy Béla, Dietz Károly nagybaczoni Nagy Vilmos, Egyed Zoltán, Pattantyus Ábrahám, Dezső Eszterházy, Móric Rakovszky Tibor, Hardy Kálmán, Ruszkiczai-Rüdiger Imre, Hennyey Gusztáv, Szombathelyi Ferenc, Jávor Pál, Szombathelyi Ferencné, Jungerth-Alnóth Mihály, Titkos Ilona, Kádár Gyula, Töreky Géza, Kállay Miklós, Utassy Lóránd, Kánya Kálmán, Dálnoki Veress Lajos. 1944. december 23-27-ig Sopronkőhidán tartották fogva Mindszenty József veszprémi püspököt papjaival és kispapjaival együtt.
A védőőrizeteseken kívül Sopronkőhidán őrizték az ellenállási mozgalom lebukott tagjait, többek között Bajcsy-Zsilinszky Endrét, Almásy Pált, Pataki Istvánt, Rajk Lászlót, Révay Kálmánt. Nemzetiségük szerint a lefogottak között a magyarokon kívül horvátok, szlovákok, olaszok, lengyelek, nem szerint mind férfiak, mind nők egyaránt voltak, s ami e kor egyik tragédiáját jelenti az intézet életében, még gyermekek is voltak.
Ide települt át december közepén a Dominich Vilmos hadbíró őrnagy nevével fémjelzett hadbíróság is, aki folytatta Budapesten megkezdett tevékenységét.A nyilas vésztörvényszék a börtönnel szemben lévő iskola épületében ülésezett. Sorozatban hozták a súlyosabbnál súlyosabb ítéleteket. Rendkívül sok volt ezek között a halálos ítélet is, melyek egy részét végrehajtották, másik részét 10-15 évi, vagy életfogytig tartó szabadságvesztésre változtatták. Az első halálos ítéletet 1944. december 21-én hajtották végre Deutsch József cinkográfuson. 1944. december 23-án délután ítélték halálra Bajcsy-Zsilinszky Endre egykori országgyűlési képviselőt, Pesti Barnabást, Kreutz Róbertet és Pataki Istvánt. A halálos ítéleteket szenteste reggelén hajtották végre. Az éjféli szentmisét Mindszenty József celebrálta. A védőőrizetesek és egyéb politikai foglyok március 28.-i kitelepítését követően a fegyenceket is elengedték.
Az intézetet 1945. március végén Sopronba, az ún. 48-as laktanyába költöztették, mert áprilistól 1948. január végéig az ausztriai Badenben működő szovjet hadbíróság a fegyintézetet rendelkezési hatáskörébe vonta. Az intézet területét drótkerítéssel megnövelve jelentősen kiterjesztették. Egyesek szerint 1945. pünkösdjén 22 ezer, mások szerint 33 ezer ember volt itt bezárva. Nagy részüket ártatlanul tartották fogva és hurcolták el kényszermunkásként a Szovjetunióba. A bírósági eljárás nélkül, ártatlanul kivégzettek számáról nem maradt fenn adat. Emlékükre a Szovjetunióban volt Magyar Politikai Rabok és Kényszermunkások Szövetsége 1994 szeptemberében a parancsnoki épület homlokzatán emléktáblát helyezett el.
Az intézet 1947-ben a Soproni Országos Büntetőintézet megnevezést kapta és az 1948. januári szovjet kiürítést követően márciusban Kőhidára visszatelepült. Az átvett intézet állapotára jellemző, hogy a helyreállítási és újjáépítési tervek végrehajtására 6 évre lett volna szükség, de őszig a zárkaépület 3/4 részét és a fontosabb épületeket már helyreállították. Az országban elsőként ekkor építettek őrtornyokat a bástyafal tetejére.
Folyamatos szállításokkal a létszám 1951-re már 2000 fő fölé emelkedett. Ebben az évben készült el az új igazgatósági, mai nevén parancsnoki épület és az intézet elnevezése Sopronkőhidai Országos Börtön lett. A működés nem tartott sokáig, mert ősszel politikai okok miatt az intézetet ismét kiürítették.
Az intézet újbóli visszaállítására 1955 nyarán került sor. A fogvatartottak munkáltatását elsődlegesen biztosító vállalati rendszerű tevékenység a Sopronkőhidai Szövőgyár megalapításával 1955 őszén újra indult. Meghatározó a textilipari, ezen belül a szövödei tevékenység volt. Új tevékenységi körök meghonosítására 1967-ben textil-ruházati ipari, majd 1968-ban fém- és híradásipari vonatkozásban került sor. A híradásipari tevékenységet 1983-ban gazdaságtalansága miatt meg kellett szüntetni.
Az 56-os forradalom idején október 28-án mintegy 4-500 fő elítélt zendülést követett el. Egy részük a tehergépkocsi bejárati kaput kidöntve kitörést kísérelt meg, melyet az őrség fegyverhasználattal akadályozott meg. A zárkaépületbe visszaszorították őket, továbbra is követelőztek, az épület felgyújtásával fenyegetőztek, az ott rekedt parancsnokot pedig túszul ejtették. A parancsnok életét 16 fő életfogytiglanra ítélt védelmezte és próbálta a hangadókat leszerelni. Este soproni egyetemisták érkeztek a börtönbe, akik kérték a személyzetet, hogy senkit se engedjenek ki az elítéltek közül. A fogvatartottakkal is tárgyaltak, aminek eredményeként a parancsnok elhagyhatta az épületet.
Itt kell szólni arról, hogy súlyos rendkívüli események korábban is voltak az intézetnél. Az 1950-es éveket megelőző időszakban szinte alig volt olyan év, amikor ne fordult volna elő szökés külső munkáltatásról, vagy intézeten belülről. 1958 februárjában történt sikeresen végrehajtott szökés, majd 1977-ben és 1992-ben egy, illetve 2 fő részvételével volt meghiúsított szökési kísérlet. Súlyos, rendkívüli eseménynek számított a rendszerváltás idején 1989. II. félévben és 1990. I. félévben a változó amnesztia hangulat miatti több csoportos étkezés és munkamegtagadás. Ezek közül a legnagyobb több mint 200 fogvatartottat érintett. 1989 novemberében tömeges étkezésmegtagadás volt, melyet az ügy higgadt kezelésével 17 óra alatt megszüntettek. Kiemelkedően súlyos eseménynek számított az 1993. januári túszejtés, mely végeredményét tekintve ugyancsak pozitívan zárult. 2004 decemberében egy fő fogvatartott a délutáni sétát követően kijutott az intézetből. A fogvatartottat 7 órán belül sikerült elfogni.
Az intézetben elhunyt fogvatartottakat a rabtemetőben temették el. A halottak sírját nem fakereszttel, vagy fejfával jelölték meg, hanem csupán egy kőkockával. Erre, ha fegyenc volt az elhunyt, akkor egy "F" betűt és a törzsszámot, ha szigorított dologházas volt, akkor egy "D" betűt és a törzsszámot vésték rá. Az utolsó temetés 1962-ban volt. Ide temették az 56-os mártírok közül Czifrik Lajost, Földes Gábort, Gulyás Lajost, Kiss Antalt, Tihanyi Árpádot, Török Istvánt, Weintrager Lajost, Zsigmond Imrét és Szigethy Attilát, akik hamvait az 1989-90 évi exhumálásokat követően végső sírhelyükre helyezték el. Azóta a volt rabtemető 56-os emlékhely.
Az intézet elnevezése 1967-ben Sopronkőhidai Büntetés-végrehajtási Intézet, 1972-ben Sopronkőhidai Fegyház lett, miközben az 1958. évben végrehajtott kategorizálásnak megfelelően jellemzően továbbra is többszörösen visszaesők szabadságvesztés büntetésének a végrehajtását biztosította és jelenleg is biztosítja.
Törvényi változás miatt, 1974-ben a visszaesőkkel szemben újonnan bevezetett szigorított őrizet végrehajtását férfi elítéltek vonatkozásában 1981-ig Sopronkőhida kapta feladatául. Ennek során a határozott idejű szabadságvesztés büntetés letöltését 2-5 évig terjedhető további szabadságelvonással járó intézkedés követte. A későbbiekben az itt fogvatartottak összetételének megfelelően 1988-ban az intézet megnevezése Sopronkőhidai Fegyház és Börtön lett.
A Sopronkőhidai Fegyház és Börtön 1997-től 2006-ig tartó rekonstrukciója a jogi szabályozásokkal összhangban álló, belső életében megfelelően differenciált, a közrend és köznyugalom szempontjából nagy külső biztonságot nyújtó, a személyzet munkakörülményeiben pozitív változást eredményező rendszer kialakítását és működését teremtette meg.