A Doberdót az 1855-ös pótépítkezés során alakították ki, az intézet fegyelmező részlegeként. Maga a helyiség - annak elrendezése és hangulata - és a máig élő legendák tanúskodnak szerepéről.
Az első világháború olasz frontján Doberdó helység a háborús szenvedések megtestesítője volt, erről nevezték el a börtön volt fegyelmező részlegét a háborút megjárt magyar katonák, akik később valamilyen ok miatt a fegyintézet lakói lettek. Az elnevezés az eltelt idő alatt nem változott. A Doberdó a Kft. udvaráról közelíthető meg. Jelenlegi állapotában csak az L alakú körlet egyik szárnya tekinthető meg, a másik részt befalazták.
Az ablaknélküli zárkák jellegzetessége a lekerekített forma, ami miatt az elítélt nem tudott úgy elhelyezkedni a zárkában, hogy a betekintéskor ne lehessen őt látni, ellenőrizni. A zárkák a berácsozott, tenyérnyi nagyságú légaknákon keresztül kaptak levegőt. Az egyik volt politikai fogoly tisztán emlékezett arra, hogy a Doberdó egyes részein a fal és a mennyezet találkozásánál kisméretű, rácsos nyílás - légaknanyílás - volt. A rácsos nyíláshoz felmászni, onnan kitekinteni tilos volt, aki ezt megtette, retorziókra számíthatott. Egyik napon legyőzve félelmét, felmászott. A rácsok mögötti szűk nyíláson kinézve az utcán játszó gyerekek lábait láthatta, feljebb nem tudott nézni. Joggal gondolhatta, a gyerekek nem veszik őt észre… A látványtól, a szabad élet ilyen szűk világától nem tudott azonnal elszakadni. Az egyik tíz éves forma kislány, talán mert a játéka a földre esett, lehajolt és tekintetük találkozott. Hosszan nézték egymást, de egyikük sem szólalt meg. A kislány elment, majd néhány pillanat múlva visszajött. Lehajolt és egy darab csokoládét adott át neki a nyíláson keresztül. Miután a rab lemászott, rátört a félelem. Emlékezett, hogy a börtön körül fegyintézeti lakások vannak… „A kislány is valamelyik börtönőr leánya lehet…” Bizonyosra vette, hogy a gyermek beszél majd erről otthon, kitudódik minden, őt pedig megverik, vasraverik, és sötétzárkába vetik. Az esetnek végül nem volt következménye. A kislány vagy nem mesélt, vagy a börtönőr nem jelentett. A volt politikai fogoly elmondta, máig hálás annak a gyermeknek, mert nem csokoládét, hanem reményt kapott tőle. A történet számunkra hihetetlennek tűnt, ugyanis akkor még nem tudtunk az elfalazott szárnyról, melynek a szellőzőnyílásai valóban a Barabás utcára nyílhattak. Kővágó József, Budapest volt polgármestere visszaemlékezéséből: „…A fegyelmi osztály a váci börtönben egy Mária Terézia korabeli alagsorban volt elhelyezve… Az érkezéskor mindenkit elvertek. Ez azután naponként megismétlődött. Aki a legmagasabb állást töltötte be a múltban, azt verték a legtöbbet. Esterházy herceg, akit a Mindszenty ügyben ítéltek el, kapta a legtöbb verést, mert minden őr ki akarta próbálni, hogy milyen egy herceget verni…”
A Doberdó egyik megdöbbentő része az ablaktalan állózárka, melynek lényege, hogy az oda bezárt fogvatartott a helyszűke miatt csak állva tudott elhelyezkedni. Leguggolni, leülni, vagy testét más módon pihentetni nem volt képes. Amennyiben rosszul lett, elájult, nem tudta felvenni a vérkeringés normalizálásához szükséges testhelyzetet, így - életben maradása esetén is - maradandó egészségkárosodást szenvedett az agy vérellátásának zavara miatt. A Doberdóban található állózárka, illetve a sötétzárkák az akarat megtörésének eszközei voltak. A sötétzárkába zárt fogvatartott rövid idő alatt elvesztette idő- és térérzékét, az ingerszegénység következtében kialakuló agykérgi elváltozások téves emlékképek megjelenését, azaz hallucinációkat okoztak. A volt politikai elítéltek közül többen állították, hogy a sötétzárka nem volt annyira elviselhetetlen, ha az embert a behelyezés előtt nem verték meg túlságosan, ha „békességben volt önmagával”, ha képes volt érzelmein felülkerekedni, a gondolatait rendszerezni, egy-egy témára összpontosítani. Egy előnye biztosan volt, mégpedig az, hogy a sötétzárkába zártak mindennap étkezhettek, ha nem is sokat… Volt olyan időszak, amikor az étkezések alkalmával a foglyoknak a folyosón, a zárkaajtó mellett kellett felsorakozniuk. A fallal szemben állították ki őket, úgy, hogy a falat mindkét láb nagylábujja érintette. Ebben a testhelyzetben fogyaszthatták el az ételt a csajkákból. A Doberdóban ma is megtalálható néhány eredeti fémből készült zárkaajtó, melyeken bevésések olvashatók az 50-es évekből. A közelmúltban az intézetbe látogatott néhány volt politikai elítélt, akik elmesélték, hogy a Doberdóba helyezéskor a fogvatartottakat megverték, meztelenre vetkőztették, egy darab, vékony, de elszakíthatatlanul erős és merev szövetből készült köpenyszerű ruhát adtak rájuk. Cipő helyett sajátos, papucs-szerű lábbelit kaptak. Erre a rendszeresített ruházatra azért volt szükség, hogy megakadályozzák az elítéltek öngyilkosságát. Az elbeszélés szerint három nap Doberdóban töltött időt követően szinte minden fogvatartott valamilyen úton megpróbálkozott az öngyilkossággal, a további szenvedések elkerülése reményében…
Fegyelemsértés esetén vasalást vagy vasraverést alkalmaztak, ez a középkori kaloda és kurtavas büntetés kegyetlenebb továbbélése volt. Az elítéltet a Doberdó hideg folyosójára kiültették, lábait, kezeit keresztbe tették, bokáira láncot tekertek, azt csavarral srófolták fel. Az egyik őr teljes testsúllyal a fogoly hátára térdelt, hogy a jobb kezet a bal bokához, a balt a jobbhoz húzathassák, majd a láncot ebben a kifeszített állapotban rögzítették… Ha az elítélt elájult, hideg vízzel locsolták fel…. Kétórás vasraverés következményeként a láb- és a kézfejek bedagadtak, feketére színeződtek a vér visszafolyásának akadályozottsága miatt. A kar- és lábizmok erőszakos nyújtása mozgási képtelenséget okozott, a rab a zárkába csúszva-mászva tudott csak visszajutni. A kurtavas használatát 1953-ban a Nagy Imre kormány eltörölte.
A Doberdóban még nyáron is hideg volt, télen befagyott a csajkába öntött víz, a falak csillogtak a salétromtól… A Doberdót 1950-ben fogolyként megjárta Berkesi András, a Kádár-kor egyik legnépszerűbb írója is, aki korábban a katonapolitikai osztály rettegett hírű kihallgatótisztje volt, őrnagyi rangban. A korabeli nyilvántartásban jelentős mennyiségű olyan kartont találtunk, ahol a foglyok foglalkozás rovatában ÁVH-s (Államvédelmi Hatóság) bejegyzés található. Ennek oka az ÁVH „átszervezése”, a régi garnitúra lecserélése, azaz bebörtönzése volt. Ők az 1954-es felülvizsgálat alkalmából szabadultak, közülük többen a rendőrségnél, mások üzemekben, tsz-ekben kaptak jól jövedelmező állást, illetve pártbeosztást. A volt foglyok elmeséléséből tudjuk, hogy a Doberdót az 50-es évektől 1963-ig az Államvédelmi Hatóság majd a BM működtette, az ávós időkben egyszerű bv-s dolgozó ide be sem léphetett.