A fegyház történetének egyik legnagyobb jelentőségű eseménye volt a 100 ágyas börtönkórház megépítése, Dr. Rusztek Lajos igazgatása alatt. Az építési terveket K. Császár Ferenc építész tanár készítette, a kivitelezést Papp Ferenc balatonboglári vállalkozó, valamint Bogdány és társai nyerték el.
Magyarországon az 1921-es összes halálozás 13 %-át a tuberculósis betegség okozta. A fegyintézetekben az ilyen ok miatti halálozás elérte, sőt egyes időszakokban meghaladta a 60 %-ot. Az igazságügyi minisztérium döntött. Az elkülönítés és a gyógyítás érdekében új intézményt kell létesíteni a tbc-s betegek részére.
Az 1931. május 21-én a kórház felavatásán, ahol az akkori igazságügyminiszter, Zsitvai Tibor is részt vett, megállapították: „Nincs ma modernebbül felszerelt kórház, mint a váci fegyház kórháza. A kórtermek két-három-ötágyasak, mindegyik meleg levegővel fűtve. A padló egybeöntött vörös anyagból készült, ideálisan tiszta. Szekrény, kis szék minden ágyhoz. Villany. Minden kórteremben fűthető klozet, fürdőszoba. Porcelán mosdó vízcsappal… A műtőterem tökéletes berendezésével tűnik fel, röntgen, kvarc fény.” Az épület északi sarkának kapuján leláncolt kezű férfi és nőalak tart egy címerpajzsot, középen az 1930-as keltezéssel. A modern börtönkórház felépítése jogosnak tűnő elégedetlenséget váltott ki a váci lakosok körében. A Váci Hírlapban 1932. január 1-én megjelent négysoros versike híven tükrözi az elégedetlenség valódi okát: „A városi kórház direkt beleszédült, Fegyenczek részére oly szép kórház épült, Eztán ki betegnek érzi hasát, nyakát, Jobb lesz, ha sietve becsukatja magát.” A valóban modern kórház nem csak a betegek - közülük is a tüdőbetegek, a tbc-ben szenvedők - gyógyítására volt kiváló hely. Az akkori igazságügyi minisztérium gyakran reprezentált ezzel az intézménnyel. Külföldi és hazai börtönügyi szakemberek csak jó véleménnyel távoztak innen. A fegyintézeti kórházat, 1944 decemberétől a háború végéig, a szovjet csapatok fogolykórházként működtették. Torday László volt kórházi írnok – különtej-utalványra írott – feljegyzése alapján tudjuk, hogy két magyar katona, Bencsik József és Turmann Gábor a csatákban szerzett sérülések miatt halt meg itt, őket a kórház udvarán temették el. Két munkaszolgálatos, Fischer Jenő és Pap Sándor is a fogolykórházban hunyt el, ők a december 26-i, a váci Horty Miklós úton végrehajtott német légitámadás során sebesültek meg. Ugyanakkor behoztak onnan még egy ismeretlen munkaszolgálatost is, aki a beszállításkor már halott volt. Mindhárom munkaszolgálatost a fogolytábor parancsnokának engedélyével a váci izraelita szentegylet a helybeli zsidótemetőben temettette el.
A váci fegyház kórháza 1976-ig működött itt, majd a tököli börtönkórház területére költöztették. Az épületet az 1980-as évek elején átalakították oktatási intézmény céljára, közel húsz évig a büntetés-végrehajtás alapfokú szakiskolájának adott otthont. Jelenleg az épület nagyrészt üresen áll.