A Btk.97. § (2) bekezdésében mondta ki, hogy „a fiatalkorúak szabadságvesztését külön…bv. intézetben kell végrehajtani”. E követelményt, amelyet az 1908-as Bn. alapozott meg, több, mint félévszázados, viszontagságos elhelyezési és áthelyezési korszak után, 1963-tól sikerült Tökölön a Fiatalkorúak Büntetés-végrehajtási Intézetének létesítésével teljesíteni.
A fiatalkorúak intézetének Tökölön történő kijelölésében nyilvánvaló szerepet játszott, hogy az épületegyüttes az 1956-os forradalom leverése után 1959-ig internálótábor volt, majd az itt elhelyezett politikai elítéltek amnesztiával történő elbocsátása után, 1963-ban kiürült, de ugyanúgy számításba jöhetett a fiatalkorú bűnözés szempontjából leginkább „fertőzött” főváros közelsége, ez utóbbi az intézet jövendő szakember-ellátásában kínálhatott kedvező feltételeket.
A büntetés-végrehajtás országos parancsnokának 1963. június 29-én kelt parancsa értelmében az akkor az ország egész területén elhelyezett jogerős és nem jogerős fiatalkorú letartóztatottakat 1963. július 20-ig át kellett szállítani Tökölre és az intézet új elnevezése szerint a Tököli Központi Kórház és Munkahelyen elhelyezni.
Az intézet területén 1961 óta működött a Büntetés-végrehajtás Központi Kórháza. Korábban, a múlt század 20-as éveiben huszárlaktanya működött ezen a területen, ami 1958-ig a honvédség birtokában volt, különféle funkciókat betöltve. A volt lovassági kaszárnya jelenleg a kórház épülete, a volt gazdasági épületek és a kaszárnyához csatlakozó volt gazdasági épületrendszerbe helyezték el a fiatalkorú elítélteket.
Az intézetben először fiatalkorú lányok és fiúk elhelyezéséről gondoskodtak, illetve a korábbi, kizárólag fiatalkorú elítéltek mellett 1987-től nagykorú elítélteket is elhelyeztek, amely csoport számát a 90-es évek közepétől megnövelték. 1990-ben a büntetés-végrehajtás országos parancsnokának parancsa alapján Tökölön rendelték elhelyezni a HIV-pozitív fogvatartottakat.
A Fiatalkorúak Bv. Intézete 2013-ban ünnepelte fennállásának 50. évfordulóját. Ebből az intézetből vált ki 2016. május 1-jével a Tököli Országos Büntetés-végrehajtási Intézet, melynek feladatai közé tartozik a nagykorú fogvatartottakkal való foglalkozás, a munkáltatás. A Fiatalkorúak Büntetés-végrehajtási Intézete pedig a fiatalkorú fogvatartottak oktatásával, fejlesztő programok révén személyiségük pozitív irányba befolyásolásával, nevelésével foglalkozik. A két intézet között szoros együttműködés áll fenn a feladatok hatékonyabb megosztásáért, az információáramlás elősegítéséért, valamint a munkavégzés jogszabályi előírásainak megfelelő színvonalú végrehajtásáért.
