1881-ben a budapesti királyi főügyész átiratában, a győri királyi ügyészségi börtön és esetleg egy új törvénykezési épület megépítésére bizottságot küld ki. A bizottság megállapítja, hogy az akkori városháza, a jelenlegi megyei levéltár épületében lévő tömlöcök állapota a kor követelményeinek nem felel meg...
Győr Szabad Királyi Város közgyűlése 1884. január 22-én határozatot hozott a város szélén megépítendő törvényszéki palotáról és fogházról. A közgyűlés indoklása szerint, azért volt szükség új börtön építésére „mivel a város törvényszéki fogháza olyan állapotban van, hogy ott már törvényesség nem biztosítható”.
Az épület tervezése során Wagner Gyulának (1851-1937), a neves műépítésznek terveit vették alapul. A kivitelezésért a Schlichter és társa győri építőcég volt a felelős. Az épület a kor követelményeinek megfelelő kétemeletes kivitelezésben épült, amit a város polgárai túl elegánsnak tartottak. 1886. június 22-én kísérték át az első fogva tartott csoportot a Jókai utca és Révai utca sarkán épült új fogházba. Így kezdődött az intézet története.
A győri fogház épületnek a felnőttekétől teljesen elkülöníthető nyugati szárnyát alakították ki a fiatalkorúak részére 1910. január 1-től.
A rabok munkáltatási lehetősége kezdetben a kosárfonás, szőnyegszövés és kefegyártás volt. A börtönhöz tartozott a „Rabkert” – győri külterület – ahonnan a vessző alapanyag származott. E terület kertészkedésre is alkalmas volt 1962-ig.
Az 56-os események következtében az intézetben raboskodott Földes Gábor színész-rendező és Tihanyi Árpád középiskolai tanár, mártír forradalmárok.
A hetvenes években a Börzsöny Vegyesipari Vállalat üzemegységeként labdavarrással foglalkoztak az elítéltek. 1990-ig tartott a férfi szabálysértők foglalkoztatása a Richards Finomposztógyárban, míg a nőké a Győri Lenszövőgyárban. A 90-es évektől a fogva tartottakat a Labdaüzemben és a Mezőgépnél foglalkoztatták, majd a munkáltatás különböző partnerekkel valósult meg az intézetben és az intézeten kívül.
A fogvatartottak lelki gondozása 1993-ban kezdődött újra a Magyarországi Evangéliumi Testvérközösség tagjainak bejárásával, mely napjainkban már 7 egyházat, felekezetet jelent.
2009-ben elkezdődött a „Megbántam, jóvátenném” elnevezésű resztoratív programsorozat. A fogva tartottak a program keretében több óvodát és iskolát újítottak fel az elmúlt években.
Az intézet személyi állományának kezdeményezésére alakult meg a RAAB Sport és Kulturális Egyesület, mely a dolgozók szabadidős, sport és kulturális életét szervezi és támogatja 1998 óta.
A nemzetközi kapcsolatok kialakítása céljából a csehországi Breclavi Büntetés-végrehajtási Intézettel kötött az intézet együttműködési megállapodást 2010-ben.
Az intézet 125. évfordulója alkalmából ünnepélyes keretek között Győr-Moson-Sopron Megyei Közgyűlés csapatzászlót, Győr Megyei Jogú Város ezüst emlékérmet adományozott a szakmai munka elismeréséül. Az ünnep alkalmával került kiadásra az intézet 125 éves történetét feldolgozó nívós színvonalú Emlékkönyv.