A Kalocsai Fegyház és Börtön épületét Kiss István budapesti építészmérnök tervezte.
Az építkezési munkálatok 1896 tavaszán kezdődtek az Igazságügyi Minisztérium által biztosított költségvetési keret alapján. 1897-ben helyi ünnepség keretében adták át az épületet, majd a következő év nyarán avatta fel dr. Erdély Sándor igazságügy miniszter az eredetileg is törvénykezés céljára épült barokk stílusú épületegyüttest, amelyben helyet kapott a királyi törvényszék, a királyi ügyészség, a királyi járásbíróság, telekkönyvi hivatal, és a törvényszéki fogház.
Egy korabeli újságcikk szerint a fogházban 44 egyszemélyes zárka, 12 öt fős zárka volt férfi fogvatartottak részére, a nők részére 5 egyes, és 2 ötös zárkát alakítottak ki, a fogház befogadóképességét 115 egészséges férfi és 15 egészséges nő számában jelölték meg. A fogházban 8 sötétzárka volt a „nem alkalmazkodó rabok” részére. A betegeknek kórházi részleget hoztak létre a főépületben. A katolikus vallású foglyok számára kápolna, a többi felekezet részére imaterem, valamint egy tanterem állt rendelkezésre a közösségi rendezvényekre. A pincében főzőkonyhát, mosókonyhát, fertőtlenítő kamrát és fürdő kamrát alakítottak ki, és az egész épületet központi vízfűtéses rendszerrel fűtötték. Ez utóbbi irigylésre adott okot a civil társadalomban. Az épület átadásakor a fogház mellett a rabok foglalkoztatására is alakítottak ki helyiséget. 1948-ig az elítéltek karbantartási, mezőgazdasági és kosárfonási munkát végeztek.
A Kalocsai Törvényszéki Fogház mellett 1916-tól létrehozták az első női dologházat, amelybe a közveszélyes munkakerülőket zárták. A dologházi munkára ítélteket magánszemélyek is foglalkoztathatták. A dologház működtetését a fogház személyzete végezte, ami helyileg a törvényszéki épület melletti utcában volt. Helyén ma részben szolgálati lakások állnak.
1950. április 30-án 22.600/1950/IV.01./IM. rendelet alapján a Kalocsai Megyei Bíróság megszűnt. 1950. augusztus 15-én költöztették át a Márianosztrai Női Börtön fogvatartottait Kalocsára, s ettől kezdve, mint Kalocsai Országos Börtön, a női elítéltek börtönbüntetését hajtotta végre. Ekkor az épületből a bírósági személyzet kiköltözött. Sajnálatos, hogy a római katolikus kápolnát is lebontották. A fogvatartottak foglalkoztatására varrodai szalagokat hoztak létre, és 1954-ig egy babaüzem is működött.
1953-tól folyamatos a munkaruhagyártás. 1976-tól a vegyesipari részleg azoknak az elítélteknek biztosít munkalehetőséget, akik a szalagrendszerű termelésben nem foglalkoztathatók. Az 1990-es évek közepétől kalocsai gépi- és kézi hímző részleg működik, és külső idényjellegű mezőgazdasági munkát is végeznek a fogvatartottak.
Az intézmény 1967-től Büntetés-végrehajtási Intézet Kalocsa, 1972-től Kalocsai Fegyház és Szigorított Börtön, majd 1979-től Kalocsai Fegyház és Börtön elnevezéssel működött.
Az intézet alapterülete 6327 m2, az Adorján Tex Kft. kalocsai telephelye 3789 m2-en működik. A börtön befogadóképessége 240 fő, a mai jelenlévő létszám meghaladja a 350 főt. A fogvatartottak elhelyezésére 73 lakózárka áll rendelkezésre.
Kalocsai Fegyház és Börtön a fegyház fokozatú, a börtön fokozatú és az életfogytig tartó szabadságvesztésre ítélt nőket, valamint a Kalocsai Járásbíróság rendelkezése alapján elrendelt előzetesen letartóztatottakat, a bv. intézet fenntartási munkáinak elvégzése céljából börtön fokozatú férfi elítélteket fogad be.