Magyarország közigazgatása a XVIII. század közepén 1749-ben az osztrákoktól átvett mintára alakult át, kialakultak a megyeszékhelyek. A Somogy megyei közigazgatás is önállósult, székhelye Kaposvár lett. Kaposváron jelentős mérvű fejlődés ment végbe, mely közvetlenül érintett minden közfeladatot ellátó szervet. Ekkor épült meg a megyei börtön is, mely egyik elődje volt a ma is álló Somogy Megyei Büntetés-végrehajtási Intézetnek.
A sietve felépült előd nem tudta kielégíteni a megyei adminisztrációt, ezért viszonylag rövid idő elteltével 1772-től folyamatos átalakítások és bővítések váltak szükségessé. A megromlott állapotra és a kevés férőhelyre való tekintettel a megyegyűlés 1807. november hó 4. napján elhatározta, hogy egy új épületet kell építeni, mely további fogházat, strázsaházat, pénztárt, levéltárt és tisztviselői lakásokat foglalt volna magába, de a Helytartó Tanács azt nem hagyta jóvá, ezért a börtön 1807-1828 között Eszterházy herceg tiszttartó lakásának pincéjében, valamint udvarrészében működött.
1821-ben új tervet állt elő a megyegyűlés, ennek alapján 1824. május 30.-án börtön építése kezdődött meg és 1828. június 20.-került átadásra. Ez volt a közvetlen előd, és egész a XX. század elejéig üzemelt. Az eltelt több mint 70 év azonban hozott némi változást. Lassan elkoptak a tortúráknál alkalmazott kínzások, a rabokat pedig foglalkoztatni kezdték hasznos munkavégzéssel. 1871-től a büntető intézkedések közvetlenül az Igazságügyi Minisztérium hatáskörébe kerültek, a közvetlen felügyeletet a királyi főügyész gyakorolta. A börtönben ebben az időszakban embertelen körülmények uralkodtak, az érvényben lévő házi szabályok igen kegyetlenek és kemények voltak, szociális jellegű intézkedések pedig nem, vagy csak papíron léteztek.
Egy 1880-ban kiadott Minisztériumi Rendelet értelmében a kaposvári törvényszék és fogház további jogosultságot szerzett. A szekszárdi, a pécsi és a nagykanizsai Törvényszék által börtönbüntetésre ítéltek számára ez volt a büntetés letöltésének színhelye, azaz letöltő ház lett, ami Ez a fordulat nagymértékű túlzsúfoltságot eredményezett az amúgy is magas létszámú és romlott színvonalú börtönben.
1902-ben a Magyar Királyi Kincstár csere jogcímén területet adományozott az Igazságügyi Minisztériumnak, valamint erre az időszakra esett Kaposvár nagyarányú városrendezése. Pályázati kiírás alapján 1904. december 30-án fogadta el az igazságügyi miniszter a börtönépület tervrajzát. A három fiatal pályázó Marton Ákos, Károlyi Kázmér és Rioner Márkus terve alapján épült meg a most is fennálló börtönépület a 3192 négyzetméteres telken.
1905. szeptember 8-án rakták le az igazságügyi palota és a börtön alapkövét. Fehér Lajos okleveles építőmérnök vezetésével indult el a kettő épületkomplexum építése. Az építkezésen állandó jelleggel 28-30 rab dolgozott. A városrendezés keretein belül megkezdett építkezésekből született az akkori szemmel nézve modern és lenyűgöző méretű épület. A terveknek megfelelően megépült és átadásra került a kétszintes „T” alakú épület, melyhez nem egybefüggően tartozik egy szintén kétszintes gazdasági épület is, mely munkatermeket, műhelyeket és konyhát is tartalmazott. A börtön 1907. május 01-től kezdte meg működését. A börtön megnyitásakor a fogvatartottak létszáma 112 fő, fegyőrből pedig 21 jutott. Az intézet tisztántartása és a működést biztosító munkák mellett a fogvatartottak nagy csoportja végzett munkát kosárfonás formájában, valamint meghatározott módon iskolai oktatás kezdődött. A későbbi időkben 20 hold szántóterület került a fogház birtokába a várostól északi irányban elhelyezkedő Zarany-pusztán, ahol a szükségleteket kielégítendően növénytermesztés és állattartás kezdődött, a kevés felesleget pedig értékesítették.
Ez a börtön az, mely napjainkban, több mint egy évszázada is szinte változatlan formában működik.
A Tanácsköztársaság idején 1919-ben rövid időre az újonnan létrehozott Vörös Őrség vette át a rendőrség, a csendőrség, a határőrség, valamint a fogházőrség feladatait. Ez a rendszer 1919. augusztus 12-én a tanácshatalom bukásával szűnt meg. Az akkortájt 60 fős személyzet tisztjei a főigazgató utasítására a kb. 100 fős fogvatartotti állomány politikai foglyait ez „alkalomból” rettenetes verésnek tették ki, később egy részüket a Nádasdi erdőben kivégezték.
A II. világháború kitörésekor a fiatalabb fegyőröket behívták a seregbe, így a személyzet létszáma drasztikusan lecsökkent. 1944-45-ben a börtön pár hónapig hadikórházként üzemelt.
Németország kapitulációja után a börtön visszakapta eredeti funkcióját, majd rövid időn belül a szovjet fennhatóság alatt megalakult Népbíróság rendelkezésében állt jelentős számban fogva tartva politikai okból bebörtönzött személyeket.
A Népbíróság megalakulásával a fogházbüntetés mellőzése mellett kialakult a kényszermunka, hivatalos nevén a szigorított dologház, továbbá érvényben maradt a börtön és a fegyházbüntetés. A város újjáépítésébe bekapcsolódott a börtön is, egy-egy őr felügyelete mellett 80-100 fő fogvatartott dolgozott a kaposvári malomban, a cukorgyárban és a vasút területén, valamint a mai töröcskei városrész területén további 50 fő végzett folyamatos fakitermelést a város tüzelőanyag ellátása érdekében.
Az 50-es években a külső munkáltatás teljesen megszűnt, az egyedüli lehetőség az intézeten belüli kosárfonásra, és a pincében történő bab válogatására korlátozódott, továbbá a megnövekedett fogvatartotti létszám miatt a Nagyberki Állami Gazdaság területén ideiglenes őrparancsnokságot alakítottak ki, ahol a kisebb súlyú politikai bűncselekménnyel elítélt rabok a mocsaras területek lecsapolását végezték el.
1951. január 1.-én lépett életbe az 1950. évi II. tv., ami jelentősen megváltoztatta az akkori büntetés végrehajtást. Eszerint „a büntető törvények feladata, hogy védelmet biztosítsanak a társadalomra veszélyes cselekményekkel szemben”. A törvény a börtönbüntetést határozza meg, mint szabadságvesztés büntetést, mely életfogytig, vagy határozott ideig tarthatott. 1952-ben a büntetés-végrehajtás a Belügyminisztérium hatáskörébe került, a fogvatartott még a jogerős ítélethozatal után is a nyomozószervek ellenőrzése alatt maradt.1955-ben a fogvatartottak létszáma elérte az 500 főt. Az akkor 236 férőhelyes börtönben hihetetlen körülmények uralkodtak annak ellenére, hogy a kápolnát és még sok más helyiséget zárkákká alakítottak. Mocsok és mindenféle betegség jellemezte ezt az időszakot. A probléma megoldására sem pénz, sem hajlam nem mutatkozott, hiszen a börtönben főleg politikai foglyok tartózkodtak, akik például a beszolgáltatási kötelezettségeknek nem tettek eleget. 1956. október 23-án a felvonulások és a rendszerellenes tüntetések Kaposváron sem maradtak el. A politikai foglyok kiszabadítására hatalmas tömeg verődött össze a börtön előtt követelve a foglyok szabadon bocsátását. Az egybeverődötteket hamar szétoszlatták. Nagy Imre rádiónyilatkozata után a forradalmárok sorozatos letartóztatásokba kezdtek, céljuk a kommunisták, párt és állami vezetők begyűjtése volt, így zajlott ez október utolsó három napjában. A hatalmat a börtön felett is átvették egy időre. November 4.-én a szovjet csapatok bevonultak a városba, visszafoglaltak minden fontos objektumot, többek között a börtön épületét is. A forradalmárok által fogságba vetett kommunistákat és vezetőket kiszabadították, az őrzési feladatokat pedig a szovjet alakulatok vették át a „rend” visszaállításáig. A börtönnél történt események tűzharcok nélkül zajlottak le, halálos áldozat nem volt.
Az első komoly felújítás és korszerűsítés 1960-ban történt. Ekkor lett csatlakoztatva a városi víz és csatornahálózatra, ezzel megszűnt az úgynevezett „küblirendszer”, minden zárkát saját vízöblítéses WC-vel, valamint folyóvizes mosdóval láttak el. Ezek a változtatások hatalmas higiéniai előretörést jelentettek, a fogvatartás körülményei és az egészségügyi helyzet ismét elérte az akkori kor színvonalát. A munkáltatást a kosárfonás, babválogatás, továbbá a kerti bútorok gyártása jelentette.
1964-ben új IM rendelet született (78.000/1964. XII.29.). A rendelet olyan elemeket is tartalmazott, melyek addig ismeretlenek voltak a büntetés-végrehajtásban. Megjelent az igény az elítéltek alkalmassá tételére a társadalomba való beilleszkedéshez, megalakult a nevelési szakterület. Kiépült a vezetékes rádióhálózat központi stúdióval, mely a nevelőtisztek által összeállított műsort sugározta a zárkákba, majd kiépült egy szabadpolcos könyvtár, valamint több kulturális rendezvényre is sor kerülhetett.
1967-ben a bástyafal magasítására és őrtornyok építésére került sor, 1974-ben sor került a gazdasági épület bővítésére, bővült az elítéltek számára kialakított kultúrszoba is, ami lehetővé tette a televíziózást és a filmvetítést, a kiétkezések lebonyolításához pedig boltot nyitottak. 1975-1976-ben a börtönbe bemenő és kimenő forgalom biztonságosabbá tétele céljából kettős kapurendszert építettek ki. 1981-1982-ben a gazdasági épület újra átalakításra került. Az emeleti szinten két helyiségében történt változtatás, ahol kesztyűüzem és sorkapocs összeszerelő műhely nyílt. 1983-tól a börtön területének (főleg) északi oldalán komoly szögesdrót kerítésrendszert alakítottak ki, tovább növelve a biztonságot, csökkentve a szökés lehetőségét. A technika fejlődése a börtönöket sem kerülte el, az addigi passzív rendszerek mellett lassan megjelentek az aktív, elektromos biztonsági rendszerek, kiépült a korszerűbb központi fűtés. Az új rendszernek köszönhetően megszűnt a környezetszennyező és egészségtelen levegőt eredményező kályharendszer. Nagyon fontos fejlesztés volt a megfigyelő kamerarendszer kiépítése, ezzel lehetővé vált az intézet „felügyelet nélkül hagyott” részeinek folyamatos megfigyelése, amire addig az egy fő külső őr nem volt képes. Az épületek villamos hálózata szintén a kor követelményei szerint került átépítésre.
Ezekben az időkben a gombválogatás, a temetői takarítás, a labdavarrás és a biztosítékszerelés voltak a munkáltatás formái.
A századfordulót követően további korszerűsítésre került sor. Elkészült az új, modern egészségügyi részleg: kialakításra került három egészségügyi zárka, egy belgyógyászati, és egy korszerű fogorvosi rendelő, továbbá a szükséges orvosi pihenő, és raktárhelyiségek. Felújításra került az intézet konyhája, mosodája, a fürdőhelyiségek. A zárkák padozata műgyanta burkolatot kapott, a zárkákban elhelyezett WC helyiségek leválasztása is megtörtént. A fogvatartottak kapcsolattartási lehetősége új telefonkészülékek telepítésével, a szabadidős tevékenység lehetőségei a sétaudvarokon elhelyezett sporteszközök biztosításával növekedtek. 2012-ben a büntető eljárással kapcsolatos ügyintézések elősegítése érdekében új ügyvédi, továbbá rendőrségi kihallgató helyiség létesítésére került sor. A személyi állomány munkahelyi körülményei új öltözők és kerékpár tároló helyiség átadásával javultak 2013-ban.