A Közép-dunántúli Országos Büntetés-végrehajtási Intézet jelenlegi formájában 2007. augusztus 1-jén jött létre a Fejér Megyei Büntetés-végrehajtási Intézet és a Baracskai Országos Büntetés-végrehajtási Intézet összevonásával.
Az intézet elődjét a Minisztertanács alapította 1953. március 1-jén, Bv. Munkahely Parancsnokság Baracska néven, bár születésnapjának 1951. szeptember 1-jét tekinthetjük, amikor létrejött a Baracskai Gazdaság Őrparancsnoksága. Az elítéltek munkáltatását biztosító gazdaságot szintén a Minisztertanács alapította 1953. február 2-án KÖMI-203 sz. Annamajori Célgazdaság néven. Az intézet és a célgazdaság feladatai főleg az 1950-es - 60-as években nem különültek el egymástól, szétválásukra csak 1994-ben került sor, a Célgazdaság jogutódja az Annamajori Mezőgazdasági és Kereskedelmi Kft. lett. A két egység kötődését együttműködési megállapodás szabályozza.