„ ….a fegyenceknek igen díszes templomuk van, mely a roppant épülettömegből hátrészével szépen kimagaslik, a Dunától nézve impozáns látványt nyújt. Oltárához több lépcsőn megy fel az úr szolgája, mely úgy van beállítva, hogy a templom melletti jobb- és balhelyiségbenieknek is oda fön csak úgy lássák a szent ténykedéseket végző papot, mint lenn a templomban lévők.” (Karcsu Antal Arzén)
A börtönépítési program keretében - 1855 és 1885 között - kerülhetett sor a neogótikus börtönkápolna felépítésére, az elbontott konviktusi kápolna helyén, határozottan azzal a céllal, hogy a fegyencek részére méltó istentiszteleti helyet biztosítsanak.
A háromhajós kápolnát neogótikus építészeti stílusban, úgynevezett copfjegyekkel építették, pártázatos oromzat és kis fiatornyok díszítik. Az oltárhoz tíz lépcső vezetett, a főoltárkép a szeplőtelen szűzanya képét ábrázolta, mindkét oldalán egy angyallal, az orgona nyolcváltozékú volt. A toronyban harangok voltak. Jelenleg a harangok, az oltár és az orgona hollétéről nincs tudomásunk. A szentély sokszögzárású, a két mellékhajóban díszes fakarzat, és vaskorlátok láthatók. A falképek neogótikus stílusban készültek. Ma is látható a négy evangélista medalionba foglalt arcképe, attribútumok nélkül a sarkokban, valamint Szent Imre herceg és Jézus Krisztus arcképe a diadalívekben.
A megmaradt freskókon festett angyalok (puttók) láthatók, plakátszerű megjelenítésben. A kápolna alja Kelheimi kőlap burkolatot kapott. A kápolna alatti dongaboltozatos altemplom vagy kripta még Migazzi idejében épült. A karzatok a körletek felől is megközelíthetők voltak, később az ajtókat befalazták. A börtönkápolna szellemtörténeti értéke jelentős, műemlékvédelmi szempontból értékes, eredeti állapotának visszaállítása kívánatos.
A kápolna megépítése korában már szabályozott volt a fegyintézet lelkészeinek tevékenysége, mely kimondta, hogy a lelkész a házirend tekintetében közvetlenül az igazgató alárendeltje, más tekintetben egyenlő ranggal rendelkezik vele. A lelkész tevékenységét a fegyencek vallási és erkölcsi javítására határozták meg. Vasárnaponként a saját rítus szerint kellett szokásos istentiszteletet és hitelemző oktatást tartani. A meghatározott oktatásokra a fegyenceket kötelezően állították elő. A lelkész tevékenységének ki kellett terjednie hetente kétszer a munkahelyekre, naponta a betegség miatt elkülönítettekre és a magánfogságot töltőkre is. Előírták a lelkész számára, hogy a fegyenc súlyos betegsége, halálveszélye esetén a nap bármelyik időpontjában rendelkezésre álljon. A lelkész az elvégzett munkájáról köteles volt részletes jelentésben beszámolni, hogy a tapasztalatokat a fegyencek javítása érdekében felhasználhassák. A fegyintézeti lelkészekre vonatkozó szabályok tartalma hosszú ideig nem változott.
1949-ben a börtönökben működő lelkészi szolgálatot megszüntették, a lelkészeket elbocsátották, a templomot munkahelynek – fonalgombolyító, csillámfejtő üzem -, majd raktárnak rendezték be. Az intézet központi raktára egészen 2000-ig működött itt. Az intézet vezetése ekkor döntött a kápolna eredeti funkciójának visszaadása mellett.
