Az első magyar büntető törvénykönyv - melyet kodifikátoráról, Csemegi Károlyról Csemegi-Kódexnek neveztek el – az 1878 évi V. törvénycikként került be az Országos Törvénytárba, és 1880. szeptember 1-jén lépett hatályba. Csemegi Károly a kódex elkészítésekor figyelembe vette a belga és olasz javaslatokat, korának kriminológiai kutatásait, és ezek indították arra, hogy az elmebeteg bűnözők más elbírálás alá kerüljenek, mint az épelméjű bűnelkövetők. Ezen a mai kényszergyógykezelteknek megfelelő elkövetői körön kívül jelen voltak még a büntetőeljárásban az ún. kétes elmeállapotú előzetesen letartóztatottak és vizsgálati foglyok, valamint a jogerősen szabadságvesztésre ítéltek, akiken az elmebetegség jelei mutatkoztak és ápolásra, gyógykezelésre szorultak.
A Budapesti Királyi Törvényszék lőportár dűlői fogháza mellett (a mai Budapesti Fegyház és Börtön területén) 1896-ban megkezdte a működését. A „gyűjtőfogházban” sok híres és hírhedt személyiség raboskodott az elmúlt száz évben. A politikai terror számos áldozatát itt végezték ki. Emléküket az épület Újhegyi úti falán elhelyezett emléktábla és az előzetes bejelentkezés alapján látogatható Kisfogház emlékhely őrzi. A Királyi Országos Gyűjtőfogház mellett egy elmebeteg-megfigyelő osztályt is felállítottak, amely utóbb - mint Igazságügyi Országos Megfigyelő és Elmegyógyító Intézet (mai nevén Igazságügyi Megfigyelő és Elmegyógyító Intézet) - önálló intézményként működött. (60789/1896. sz. igazságügyi miniszteri rendelet alapján)
Az 1906-ban létesített Igazságügyi Megfigyelő és Elmegyógyító Intézet (IMEI) első igazgatója Moravcsik Ernő Emil volt, az intézet megnyitásától kezdődően 1908-ig vezette az intézetet. Ezt követően tanítványa, Németh Ödön vette át az intézet irányítását, másik tanítványával egyetemben. Fő érdeklődési körük a fogsági elmezavar, valamint a Lombroso-i alapelvek anatómiai vizsgálata volt.
Az intézet 140 ággyal, akkor korszerűnek számító kis kórtermi zárkákkal működött. Néhány nagy kórteremmel, külső foglalkoztató helyiségekkel és egy kis laboratóriummal is rendelkezett. Az intézetnek ekkortájt a fő feladata az oda szállított elmebeteg gyanúsítottak és bűnelkövetők megőrzése volt. 1950-ben az intézet a következő elnevezést kapta: Elmebetegek Biztonsági Intézete.
Az 1961 évi V. törvény a Csemegi-kódexet felváltó büntető törvénykönyv új feladatot adott az intézetnek az addig meglévők mellé, de egyben törölte a biztonsági őrizetet. A kényszergyógykezelés elrendeléséről a bíróság határozott. A kényszergyógykezelést az erre a célra szolgáló külön egészségügyi intézetben, az Országos Igazságügyi Megfigyelő és Elmegyógyító Intézetben kellett végrehajtani. A kényszergyógykezelés létrejötte az addig alacsony szintű telítettséget többszörösre emelte, az intézetben jelentősen megnövekedett a beteglétszám, ezért a zsúfoltság elkerülése miatt szükséges volt egy kihelyezett osztály létesítése Márianosztrán. Az 1978 évi V. törvény nem hozott létre új feladatokat az intézet számára. 1982-ben a Márianosztrára kihelyezett osztály megszűnt.
Az intézet szervezeti önállóságát és működését az 5/1974.(VI. 16.) IM. rendelet szabályozta. A szervezeti és működési szabályzat a 110/1975. /IK. 8./ IM utasítás alapján került kiadásra. A szervezeti önállóság feltételei azonban még sokáig hiányoztak. A működés során fokozatosan tisztázódtak és bővültek azok a területek, ahol az intézet önállósága indokolt volt, más területen megmaradt a közös ügyintézés és együttműködés a Budapesti Fegyház és Börtönnel.
Az intézet vezetését 1999-től kezdődően 2015-ig Dr. Antal Albert Ph.D. végezte, jelenleg Dr. Hamula János főigazgató főorvos vezetése alatt áll az intézet.